中国科学技术信息研究所于10月31日在北京公布2016年度中国科技论文统计结果。在体现论文数量和质量的几个主要指标方面，上海交通大学均取得可喜成绩：SCI论文数居全国高校第二，国内论文数和被引次数均居全国高校第二，国际合著论文数上升到全国高校第二。
2016年度，上海交大作为第一作者单位(下同)SCI收录论文6215篇(包括Article和review两类文献)，同比增加188篇，居全国高校第二(浙江大学6231篇);若以全部作者单位统计，SCI论文数达到10005篇，居全国高校第一(浙江大学9517篇);国际卓越论文数2912篇(原“表现不俗”论文，即在每个学科内，按统计年度的论文被引用次数高于所在学科世界均值的论文)，同比增加415篇，居全国高校第二(浙江大学2971篇);国内论文被引34098次(1989-2016年发表的论文在2016年被引用)，居全国高校第二;国际合著论文1436篇，上升到全国高校第二;国际会议论文1454篇，同比增长了1倍多，排名全国高校第三;十年SCI论文累计被引(2007-2016年收录的论文截至2017年9月累计被引用的情况)43847篇、449474次，同比增加3934篇、82862次，被引次数居全国高校第四;SCI学科影响因子前十分之一的期刊论文数815篇，列全国高校第四，排名上升一位;医学院乐卫东教授作为通讯作者发表在《MOLECULAR NEUROBIOLOGY》的论文“Differential Roles of M1 and M2 Microglia in Neurodegenerative Diseases”入选“2016年中国百篇最具影响国际学术论文”。
从院系情况看，据不完全统计，医学院及附属医院SCI收录论文达到2900篇(其中：医学院附属第九人民医院465篇，医学院附属瑞金医院441篇，医学院附属第六人民医院425篇，医学院附属仁济医院400篇，医学院附属新华医院343篇，医学院附属第一人民医院275篇)，居全校第一，电子信息与电气工程学院和机械与动力工程学院分别以690篇和595篇分列全校第二和第三。
