通过20年的不断积累，西藏藏医学院依托传统藏医药学理论体系，集中优势力量，不断调整专业结构，逐步形成了藏医和藏药两大特色本科专业建设点。学院还围绕这两大特色专业，从学科方向、实验室建设和学术梯队建设方面不断完善，构建了符合现代藏医药高等教育发展的学科建设体系。
结合现代西藏藏医药事业的发展，西藏藏医学院积极在学科方向的建设与调整上下功夫，积极与新生的营销、护理等学科融合渗透，寻找新的学科生长点，形成了以藏医、天文星算（大专）、藏医护理（大专）为方向的藏医系和以藏药、藏药营销为方向的藏药系。学科专业设置既充分体现区域特色和自身优势，又紧跟时代步伐，为古老的藏医药教育注入了新的活力。学院藏医学专业现已成为国家特色专业建设点，藏药学专业成为西藏自治区特色专业建设点。同时学院还有1个藏医学硕士授权点和1个藏药学国家级重点学科，其中藏医学硕士授权点与北京中医药大学联合培养藏医学博士。
学院注重发挥藏医药实验室、教学基地在学科建设中的服务作用，初步形成了具有藏医药学科专业特色的各类实验室。目前，学院拥有藏医学基础实验室、藏药学基础实验室、藏医药重点实验室、藏医药与高原生物重点实验室4个省部级以上科研平台；拥有藏药新药实验室、藏医临床实验室、藏药种植实验室、传统藏药炮制工艺实验室4个中央与地方共建高校特色优势学科实验室建设项目。学院还拥有1所专家门诊、1个藏药厂、2个采药认药基地、5个教学医院、1个非直属附属医院、1个非直属教学药厂等重要教学实习基地。这些实验室的建成和实习基地的完善从根本上满足了藏医药现代化的教育，为加快学院学科专业建设步伐奠定了硬件基础。
学科队伍建设是学科建设的关键。在多年的办学实践中，学院下大力气建设合理的学科梯队。目前，已拥有一支以国内外著名藏医药专家、学者为主体的学科队伍。其中，博士生导师3人、硕士生导师26人，全国藏医药医师资格考试命题首席专家1人，国家和西藏自治区药品评审专家2人，国家非物质文化保护遗产传承人5人，为有效开展学科建设打下了雄厚的人才力量储备。
学院还积极从课程建设和教材建设入手，进行教学改革，强化学科建设。学院现有藏医人体学、藏医内科学、藏医外治学、藏医外伤学、藏药植物学、藏医药理学、天文星算学7门自治区级精品课程，还有藏医三大基因学、藏医保健学、藏医临床技能等10门学校级精品课程。学院积极组织力量编写适合西藏教学特点的教材，所编写的全国第一套共24本藏医本科教材、全国第一部《藏医专业本科教学大纲》，分别获西藏自治区教学成果一等奖和国家教学成果二等奖；《四部医典·大详解》荣获13届中国图书奖、西藏自治区科技进步一等奖、国家科技进步二等奖；《21世纪藏医本科教育规划教材》、《21世纪藏药本科教育规划教材》荣获西藏自治区优秀教学成果一等奖。2008年，学院完成了国家中医药管理局“21世纪藏药专业本科规划教材”的编写；2009年《21世纪藏医本科教育规划教材课程教学大纲》又荣获西藏自治区教学成果二等奖。目前，《藏医放血、火灸疗法实践教学光盘制作》、《植物藏药材野外实践教学指导用书编写》、《民族医学（藏医）专业硕士研究生课程体系与教学模式研究》等首批10项教改课题被批准立项。一大批课程设置和教材建设成果为有效实施藏医药人才培养发挥了积极的作用。
