该校把研究生分为两种，一种是全日制研究生（入学时人事关系全部转入学校的研究生）和非全日制研究生（入学时人事关系不转入学校的研究生，即委托培养研究生）。学校只资助全日制研究生。资助体系包括两方面，通过学业奖学金，对研究生的学费全面资助；建立助学金，研究生通过“三助”（助研、助教、助管）岗位，在参加科研、教学和管理工作的同时，得到全部或部分的生活资助。
2007年入学研究生学费收费标准是，博士研究生每学年学费1.18万元，硕士研究生每学年学费1万元。今年被同济大学录取的全日制研究生入学时资助面可达100%。其中，博士生全额学业奖学金的覆盖面为100%；硕士生全额学业奖学金和部分学业奖学金的资助面也为100%。另外，全日制博士研究生入学时，可全部获得8000元/年的助研津贴，对其中优秀学生，还可另获7000元/年的优秀博士生资助。改革前，博士生每年仅有3000余元生活补贴。全日制硕士研究生，则有80%以上可获得“三助”岗位及其津贴。
校方同时指出，学业奖学金是用于资助研究生缴纳其应付的全部或部分学费，是优秀研究生才能获得的奖励。如果获得者入学后疏于学习、不求上进，经考核，在下一年度中就有可能失去这份资助。
